私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年，原本是为贵族的千金小姐而设，是一所具有深厚传统的天主教女子学园。学园位于东京郊外的武藏野，四面环翠，被诸神守护，是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。
在莉莉安女学园的高中部，存在着一种叫soeur（法语：姐妹）的系统。像是姐姐带领着妹妹一样，学姐指导着学妹，就算没有严厉的校规，也能传承纯洁正派的学园生活。
学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理，其正式的干部成员只有“红蔷薇”“黄蔷薇”“白蔷薇”3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾，作为下届的蔷薇，被大家所认同。
某天清晨，学园的普通一年级生福泽祐巳在向圣母玛利亚的雕像祷告时，被人从后面叫住了。而声音的主人就是红蔷薇的花蕾，莉莉安女学园的明星，小笠原祥子……
小小的领巾促成了命运的邂逅，也拉开了这段美丽少女物语的序幕。