男主角夏目贵志生来拥有强大的灵力，能感知平常人所无法接触的妖怪神明的存在。因其父母双亡，多年间辗转于互相推卸责任的亲戚之间，同时被其能力影响，受到同龄人的欺负，未曾与任何人深交，造成性格一定程度上的孤僻。本性和善，宽厚，踏实，对于自己经历的不幸，无论人类还是妖怪都未曾怨恨过。被善良的藤原夫妇收养后踏入高中。一次被妖怪追赶的时候打破了一只强大妖怪“斑”的封印，继而牵涉到夏目贵志的祖母夏目玲子的遗物“友人帐”——一本记录着众多妖怪名字的契约书。对友人帐产生兴趣的“斑”与贵志定下约定，自己作为保镖保护其一生以替换友人帐的所有权，平日则化身成大头招财猫模样的“猫咪老师”。在猫咪老师的陪伴以及八原妖怪和同学们关心鼓励下，夏目贵志经历过一个个奇异、悲伤、怀念、令人感动的怪诞故事，逐渐学会与人类、妖怪友好相处，写出一段段充满人性哲理的温馨物语。
这是描写少女与敌人与武器的故事。故事发生在科学技术高度发展的未来，由于先前爆发的战争而导致科技崩坏的世界。在有着“通往天国之街”之称的Mardock Scramble街上，住着故事的主人公赌场老板兼赌博师榭尔的情人巴洛特。过于残酷的生活经历让巴洛特心扉紧闭，后来在榭尔设下的陷阱中险些丧命，千钧一发之际幸得犯罪搜查官博士和乌夫库克营救，并借助马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）保存了性命。芭洛特因为马杜克紧急法令-09（Mardock Scramble-09）得到了高度电子干涉能力。之后，芭洛特和博士，乌夫库克一起开始追查榭尔的犯罪事件，而另一方面，榭尔也雇佣了搜查官鲍伊德企图将芭洛特逼入绝境。
1000年后的世界，日本的孩子们正不断地消失，只存在想象中的恐怖动物与人类展开殊死战斗。反乌托邦式的未来超级社会“新世界”，是口吐真言凭藉“咒力”就能移动物体的人类，与有着等同于普通人智力的生物“妖鼠”共存的世界。乍看之下一切和平，但“新世界”的孩子们的行动被彻底地控制和管束着，不合适的记忆被消去，被认为有问题的孩子，如同不良产品般被分开处理。因为一些违反规则的小事而莫名地失去不少朋友的主人公渡边早季，卷进了人类与妖鼠之间的战争。