主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
为了解开父亲死亡的谜团，流浪女子高中生——缠流子，一路追寻着唯一的线索“手持单片剪刀的女人”，转入了本能字学园。
本能字学园中存在一种能够赋予穿着者特殊力量的“极制服”，而学生会会长鬼龙院皋月正是凭借着这种强大的力量以及绝对的恐怖统治着整个学园。
掌握着“手持单片剪刀的女人”相关情报的皋月、想要向皋月打探出消息的流子——两个人的相遇究竟是偶然，抑或是必然！？
学园中掀起的万丈波澜，将会在不断升级中席卷一切！
和见日郎受到姐姐的来信邀请，来到信中地图所示的屋子。但这却是一幢房门紧锁，连窗户也被钉死的废屋。
日和只好倒回山脚下的城镇，却在这遇到了堆满家俱用品的货车。
驾车的是一位女仆装的奇怪少女：一头长发、身着黑连衣裙的凛凛风姿的美少女正坐在货物顶上。这辆车正卡在路旁的水沟中动弹不得。
此时，恰好从正上方施工的大楼屋顶上掉下一根铁柱！为保护少女而被铁柱压在下面的日和，虽然被救护车送到了医院，但还是不治身亡。然后，被日和救下的少女出现在安置在灵堂里的日和的遗体前。奇怪的是，当时看到被铁柱砸到而奄奄一息的日和后，少女这样说到：「真棒的尸体」然后正如少女所说，在已经变成尸体的日郎面前少女再次出现，并高举起食指。不一会，她的指尖聚集起如珠子般的火焰，这火焰滴在盖着日和的脸的白布上。然后，日和的身体开始恢复阳气。
籍着喝下正好在场的少女「姬」的血， 日郎才得以暂时死而复生，不过却因此卷入激烈的战斗中，「姬」是统治怪物的王族一员，正处在与兄弟姊妹们争夺王位的旋涡之中。作为「血的战士」服侍公主的日郎，在跟想要姬的命而不断地出现的怪物们的战斗中，逐渐知道了姬隐藏了的素颜。
“焰牙”是凭借超化后的精神力将自己的灵魂具现化所创造出的武器。本作的主人公——九重透流，因为拥有这种千人中才有一人具备的能力，所以进入了教授使用“焰牙”作为战斗技术的昊陵学园就读。然而不知为何，透流的“焰牙”并非是武器，而是防具“楯”。就这样，因这种异能而受到了学校众人的关注的透流，遵照被称为“绊双刃”的学园拍档制度，须与银发美少女茱莉整天在同一房间里一同度过……故事也由此正式展开。
“minimum”——小小的奇迹。极少部分人类先天便拥有这种异能。
2014年，奈斯与紫两人组成侦探组合“ハマトラ”，把咖啡店“Now-where”的一角当成事务所。
两人提到一件委托，他们发现这与旧识警察亚特正在追查的连环杀人案有异曲同工之处——被害者全部都是“minimum”能力者。
同为能力者的奈斯和紫也被卷入了案子。
为了实现愿望，年轻人们贯彻“觉悟”进行战斗，跌宕起伏的战斗剧就此开始。
春假，为了赚得购入动画BD而打工的阿宅安艺伦也在樱花飞舞的道路上遇到了某个少女，对该少女感兴趣的伦也更以她为模特儿制作了相关的同人游戏，一个月后，该少女成为了他的同班同学。为了制作游戏，伦也陆续找了美术部王牌来负责插画、学年第一名的学姐来写作剧本，一行人以Comiket为目标开始进行相关的游戏制作。
本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐、温柔而且喜欢照顾别人的少女、金发双马尾的傲娇女、天真活泼的妹系角色、认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的谜团，这一切正要开始上演。
故事讲述能看见妖怪的“四月一日君寻”进入了别名为次元的魔女并自称伪名为“壹原侑子”所拥有的能够实现任何愿望的店。而当时四月一日正为自己能够看见妖怪而烦恼，而侑子说只要四月一日能付出对等的代价，就可以帮助四月一日实现 “可以让你看不见妖怪，而且，让妖怪不受你的血所吸引”的愿望。因此，四月一日答应侑子的条件，而侑子就开出让四月一日在其店中打工作为代价，而实现其愿望。而故事就是围绕四月一日在侑子的店中所遇到的怪异事件。
在此岸与彼岸的交界处，八百万神明和服侍他们的死灵——神器，以及被称为妖的魑魅魍魉一同生活着。
某天，普通的女初中生一岐日和因一个意外而遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的穿着运动衫的夜斗。当然，此话不假，夜斗正是没有神社供奉、缺少香火的落魄神明，因为性格缺陷，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五元（日语中“五元”与“有缘”同音）的香油钱折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托 。
然而像这样一个性格粗心大意、性情不定，而且不能很好地听祈愿、没有人知道的神明却有一个能力，那就是将此岸与彼岸以及其夹缝——世上各种杂七杂八的东西斩断。
故事描述15年前，神舍弃了世界，从此世上再无人出生，也无人能死去，唯一能给予死者安宁的就只有“守墓人”。女主角“艾”，自幼丧母的她一直在村人的照顾下过着和乐安稳的生活，直到有一天，她遇见了一名自称是“食人玩具”的银发少年，将揭开另一层不为人知的真相。