近未来的警世预言！
为了防止地球暖化，日本政府决定将东京完全森林化，
但是，那里绝非理想国香格里拉！
21世纪中叶，由于地球暖化造成环境危机，联合国决定强制向各国征收「碳排放税」，以期降低碳排放量。但是日本关东地区发生史无前例的强烈地震，市区完全崩毁，加上日本政府缴不出碳税，因此决定放弃东京，使其成为全世界最大的「森林区」，藉以吸收二氧化碳，减少碳税支出。
同时，日本政府也向东京一千万居民承诺，将于东京上空透过人造建地，打造一个名为「亚特拉斯」的新市区，在空中重建东京及政府组织。在亚特拉斯建造期间，东京的土地逐步被广大的造林地取代，许多住民被迫流离失所，由于暖化在森林区中繁衍开来的热带植物，也引发了早已绝迹的多种热带传染疾病，加上气候的异常，东京市区不断降下暴雨，每每造成大范围的淹水。昔日繁盛热闹的东京市区，俨然成为一座灰暗的死城。
然而，兴建完成的新市区亚特拉斯实际上只能容纳三百五十万人，多数人民无法移居进去，只能在宛如人间炼狱的地面上不断苟延残喘。难民不满的情绪逐渐高昂，激进派反政府组织——「金属世纪」应势崛起，采取激烈的手段，誓言与万恶的日本政府抗争到底。
金属世纪的新一代领袖北条国子是一名18岁女高中生，拥有过人的敏锐直觉，肩负引领「金属世纪」人民的重责大任。因为自己的直觉，她时常能在自己心中听到一个说话声，她试图掌握话声来源，意外发现竟是来自亚特拉斯。国子的内心深信不疑──亚特拉斯正在呼唤她……
故事以三名亚特拉斯候选继承人为主轴展开：
太阳──反抗军「金属世纪」领袖北条国子
大地──日本政府军陆军少尉草薙国仁
月亮──超能力古典美少女美邦