故事舞台是从东京都西部被分割出来、拥有230万人口的巨大都市。由于其中约有八成都是学生，所以被称为“学园都市”。“超能力开发”被列为学校课程的一部分。学生们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力高低不同，可以分为6级，从无能力（level 0）到超能力（level 5）。
故事的主人公上条当麻是名平凡的高中生，作为无能力者的他并非完全没有能力，而是他名为“幻想杀手”的特殊能力能够将一切异能（包括超能力和魔法）无效化。在宿舍阳台上他遇见了一位纯白修女。这位少女自称“茵蒂克丝（Index）”，是从魔法世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。就这样，掌握了十万三千本魔道书的少女与拥有抹杀一切幻想的“幻想杀手”右手的少年一起，经历了一系列惊险故事。
作品描述了“那一族”唯一存活下来的少女与跟本说不上是存在的“半妖”少年的二个人之间的故事。由人类与妖梦所生出的少年神原秋人某天在学校的屋顶上遇到从天而降的少女栗山未来。就算在异界士中，她也算是拥有著特异之诅咒一族最后活下来的少女。不变的教室、不变的日常、不变的世界，原本日子理应如此一天一天的走过。不过……唯一生存下来的少女与半妖少年的相会成为了这个世界唯一的改变……。
过去大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的後裔、土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。
大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。
土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来……
如月伸太郎，因为居住在其电脑中的电脑少女Ene恶作剧而使键盘及鼠标故障，为了添购替代品而中止长达两年的自宅守备任务，与Ene一同出门，不巧在百货公司被卷入恐怖份子策划的事件。
另一方面，如月伸太郎的妹妹人气偶像如月桃也正处于逃避疯狂人群的窘境，碰巧遇上拥有遮蔽目光能力的目隐团团长木户蕾。因为自己吸引目光的能力而苦恼的如月桃，认为木户蕾有能力治疗自己的体质而加入目隐团。由于小樱茉莉的失手使如月桃的手机故障，木户使用能力协同几人前往百货公司，正巧遇上事件，然后如月伸太郎就加入了目隐团……
泡沫战争十数年来，世界富人和穷人的两极分化急剧地发展，日本也没有例外。富人只顾寻求自己的欲望和快乐，东京化作了满足这种欲望的快乐都市。在某个秘密俱乐部里，那是个只有特别选出的人才能被允许出入的的黑暗的社交场。而且会员中有人还能被赐予终极的快乐。
被剥夺了护照，只好呆在国内的战地摄影记者杂贺，某天被托付了潜入哪个秘密俱乐部取材的任务。在杂贺抓拍现场的同时一名叫天王洲神乐的神秘女子突然出现，其实哪女子是被俱乐部支配人水天宫作为俱乐部的象征操纵着。神乐开始向杂贺求助，因为同神乐的接触而得到了奇妙能力“写杀”的杂贺便带着神乐逃出了俱乐部。后遭了水天宫所命令来自俱乐部的追赶者，也是根据欲望得到了“特殊能力”的人们所追杀而发生的一系列事件。
一宫恵瑠奈在初中时期过着单纯的御宅生活。在亲人与表哥二宫时雨的说服下开始挑选想要就读的高中，挑选条件毫无疑问是“可爱的制服”。最终挑选的结果是私立御神乐学园，虽然原本因为“二宫就读”而在最初就剔除，不过一宫在招生指南上看到御神乐星锁穿着制服的模样后马上就回心转意。不过，开学当天对今后生活心情激动的一宫，却在新生欢迎会上见到学长姐们暴走的身影。而且，这所学校里存在着“一个月内未参加任何社团活动的人将被强制退学”这样的校规。一宫能在学园中度过理想中的校园生活吗?
本作以与现实中有微妙差异的现代日本为舞台，讲述了昵称为“小白”的 少年伊佐那社是引发某起事件的嫌疑人，而本人却对此毫无记忆。为了调查事情的真相，“赤之王”周防尊率领吠舞罗，“青之王”宗像礼司率领Scepter4，都在全力追赶伊佐那社，并在追赶的过程中互相冲突。莫名其妙的伊佐那社亡命奔逃，邂逅了一身黑衣的长发少年夜刀神狗朗（即前任无色之王的弟子），从此，伊佐那社的命运之路飞速的向着不可知的方向发展……
“焰牙”是凭借超化后的精神力将自己的灵魂具现化所创造出的武器。本作的主人公——九重透流，因为拥有这种千人中才有一人具备的能力，所以进入了教授使用“焰牙”作为战斗技术的昊陵学园就读。然而不知为何，透流的“焰牙”并非是武器，而是防具“楯”。就这样，因这种异能而受到了学校众人的关注的透流，遵照被称为“绊双刃”的学园拍档制度，须与银发美少女茱莉整天在同一房间里一同度过……故事也由此正式展开。
“minimum”——小小的奇迹。极少部分人类先天便拥有这种异能。
2014年，奈斯与紫两人组成侦探组合“ハマトラ”，把咖啡店“Now-where”的一角当成事务所。
两人提到一件委托，他们发现这与旧识警察亚特正在追查的连环杀人案有异曲同工之处——被害者全部都是“minimum”能力者。
同为能力者的奈斯和紫也被卷入了案子。
为了实现愿望，年轻人们贯彻“觉悟”进行战斗，跌宕起伏的战斗剧就此开始。
故事描述15年前，神舍弃了世界，从此世上再无人出生，也无人能死去，唯一能给予死者安宁的就只有“守墓人”。女主角“艾”，自幼丧母的她一直在村人的照顾下过着和乐安稳的生活，直到有一天，她遇见了一名自称是“食人玩具”的银发少年，将揭开另一层不为人知的真相。