战后一段时期内的东京，美少女分尸杀人事件引起世间的骚乱。这其中，引退的前女优柚木阳子的妹妹也行踪不明。与此同时，出现了祭祀匣的奇异的灵力者，接著巨大的匣型建筑物的存在开始浮显於世，围绕著匣所发生了许多奇怪的事件……於是，侦探榎木津礼二郎、作家关口巽、刑事木场修太郎等与事件相关的人物都聚集在了京极堂的身边。
原电影女演员美波娟子的妹妹加菜子，不知道被谁给带走了。当时正好社会上发生了种种事件，如在东京八王子发生的连续杀人碎尸案，“御筥样”祭祀时宗教奇妙的传言，和箱型建筑物之间存在的联系……驱魔的京极堂、小说家关口、刑警木场、侦探榎木津，开始追踪事件真相！
就读于拥有悠久庄严历史的圣玛格丽特学园的留学的东方少年久城一弥，某天在学园图书馆塔上方、绿意盎然的温室内与一位身著华丽服装、犹如洋娃娃般美丽的少女——维多利加相遇。维多利加拥有如侦探一般聪明的头脑和敏锐的洞察力，只要在她所到之处，再怎么离奇的谜团都会被解开。之后维多利加与久城一弥遭遇了种种怪异离奇事件并揭开了维多利加的身世之谜。
作品讲述了在即将面临废部的弱小吹奏乐部，以吹奏乐的甲子园“普门馆”为目标的一对青梅竹马·穗村千夏和上条春太的故事。他们在努力练习以及募集新入部员当中度过着热闹的每一天，但各种谜团也接踵而至……
“真相就像骨头，虽然隐藏在皮肤、脂肪与血肉之下，却默默支撑著所有的一切。事物之间必有关连，就像生物必有骨肉一样。”
在北海道旭川，身为平凡高中生的馆胁正太郎，偶然间认识了住在附近复古宅邸的美人大小姐九条樱子，但她却有着难以理解的嗜好，她竟是个“比起三餐更爱骨头”的人，除了是身为组立骨头的标本士以外，她也负责解开杀人事件，并充任验屍官之职。只要有“死亡”，她就往哪儿跑。然而我，今天也一样被她耍得团团转……
在闹市区的后巷中，平凡高中生藤岛鸣海目睹了一桩突发事件。不日，他被同班同学彩夏带去了她打工的“花丸拉面店”，在这里，他居然又遇到了当天那三个“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“军事宅男”少校以及相貌俊美的宏哥，三人自称为“尼特族侦探”。就在鸣海一头雾水时，他阴错阳差地来到了“NEET侦探事务所”，遇上了一名奇怪的少女爱丽丝。爱丽丝看似是一个足不出户的家里蹲，事实上她是个拥有高超技术的网络黑客，她利用自己的能力接受委托，成为尼特族侦探。
以私立希望之峰学园为舞台，该学校以培育棒球选手、网络黑客、偶像少女等所有分野超一流的高中生为目标，由政府公认办学，可以说能够从这间学校毕业的话人生几乎是等同于成功了。而主人公苗木诚和有着各式各样不同风格与擅长领域的15名超高校级学生一起参加入学典礼的时候，却看到一个自称是学园长的活动布偶熊表示：“一旦进来，就必须要一辈子都待在这里才行。如果想要毕业离开的话，只要互相残杀就好了！”就这样，因为这个不合理的理由，这群被关在这个绝望学园的高材生们，陷入除了杀人之外就是被杀的阴谋当中，加上破坏学生之间信赖关系的卑劣“学级裁判”制度，更让整个真相陷入扑朔迷离当中。
作品以日本著名推理小说家·江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。
在某所中学发生了教师被分尸杀人事件。就读于这所学校的少年·小林，与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林，不顾朋友羽柴的担心，自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中，小林将无聊的日常完全抛到了脑后。
故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。
故事发生在昭和58年初夏，在远离都市的山中小村·雏见泽。从大都市搬家到这个人口连2千都不到的村落中的前原圭一，以自己开朗擅于言谈的性格很快与学校的同学打成了一片。他最好的朋友是喜欢照顾人的礼奈、首领一样的班长魅音、陷阱高手的沙都子、古手神社的女儿、有着不可思议的气质的梨花……就这样与伙伴们过着平凡的每一天。但是，在毎年6月举行的祭典“绵流祭”的那天，从几年前开始毎年都会发生一人死亡，一人去向不明的连续怪死事件，事件的真相是什么？犯人是谁？圭一因为自己的好奇心踏入了村里黑暗的领域，以那一天为界线，圭一的身边的人们慢慢的、却又的的确确发生了变化。
国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事当作日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。
这个日记代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一同消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者、他们之间将会进行一场生死游戏，而最后生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的神之座。起初、弱小的雪辉选择联手爱慕自己的我妻由乃；随着游戏的进行，雪辉渐渐发现由乃的奇怪思想及行为。
而故事也向着内向冷淡的雪辉的成长、盲目爱慕雪辉的我妻由乃的动向、以及十二位独具个性的未来日记所有者进行的斗争展开。