在现实中，坂本龙太是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。
金发碧眼的少女卑弥呼，曾经的好友织田信隆，狡猾残暴的今川义名，有着双重人格的吉良康介，他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
某一天，最强的魔法使公主锁部叶风被部下左门暗算，困在了无人荒岛；又有一天，一位少女被唐突杀害，犯人还未逮捕时间却已流逝；然后又在某一天，围绕着复仇与魔法，超越时间与空间战斗正式揭开了序幕！正气和狂气，理性和知性，自信和确信。在悲剧性的不合理的世界里，少年少女们的命运交缠纠结，故事开始了。
107年前（743）年，世界上突然出现了人类的天敌“巨人”，面临着生存危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们以自由为代价，在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，50米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，巨人们成群的冲进墙内捕食人类。
艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨，誓言杀死全部巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力，即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。
本作以与现实中有微妙差异的现代日本为舞台，讲述了昵称为“小白”的 少年伊佐那社是引发某起事件的嫌疑人，而本人却对此毫无记忆。为了调查事情的真相，“赤之王”周防尊率领吠舞罗，“青之王”宗像礼司率领Scepter4，都在全力追赶伊佐那社，并在追赶的过程中互相冲突。莫名其妙的伊佐那社亡命奔逃，邂逅了一身黑衣的长发少年夜刀神狗朗（即前任无色之王的弟子），从此，伊佐那社的命运之路飞速的向着不可知的方向发展……
独自生活的贫穷高中生浅野真一郎，在级任老师的推荐下，来到校内同学年的岛津朔邪家打工当帮佣。
真一郎才刚来到岛津家，就莫名其妙地被卷入与妖魔战斗的情况中！
而且他还发现了原来封魔除妖是岛津朔邪的维生工作。
就这样，真一郎打工帮佣的内容除了家事之外，还包括必须帮助岛津封魔除妖……
而在各种因缘际会之下，事态突然出现激烈的转变!?
为了解开父亲死亡的谜团，流浪女子高中生——缠流子，一路追寻着唯一的线索“手持单片剪刀的女人”，转入了本能字学园。
本能字学园中存在一种能够赋予穿着者特殊力量的“极制服”，而学生会会长鬼龙院皋月正是凭借着这种强大的力量以及绝对的恐怖统治着整个学园。
掌握着“手持单片剪刀的女人”相关情报的皋月、想要向皋月打探出消息的流子——两个人的相遇究竟是偶然，抑或是必然！？
学园中掀起的万丈波澜，将会在不断升级中席卷一切！
和见日郎受到姐姐的来信邀请，来到信中地图所示的屋子。但这却是一幢房门紧锁，连窗户也被钉死的废屋。
日和只好倒回山脚下的城镇，却在这遇到了堆满家俱用品的货车。
驾车的是一位女仆装的奇怪少女：一头长发、身着黑连衣裙的凛凛风姿的美少女正坐在货物顶上。这辆车正卡在路旁的水沟中动弹不得。
此时，恰好从正上方施工的大楼屋顶上掉下一根铁柱！为保护少女而被铁柱压在下面的日和，虽然被救护车送到了医院，但还是不治身亡。然后，被日和救下的少女出现在安置在灵堂里的日和的遗体前。奇怪的是，当时看到被铁柱砸到而奄奄一息的日和后，少女这样说到：「真棒的尸体」然后正如少女所说，在已经变成尸体的日郎面前少女再次出现，并高举起食指。不一会，她的指尖聚集起如珠子般的火焰，这火焰滴在盖着日和的脸的白布上。然后，日和的身体开始恢复阳气。
籍着喝下正好在场的少女「姬」的血， 日郎才得以暂时死而复生，不过却因此卷入激烈的战斗中，「姬」是统治怪物的王族一员，正处在与兄弟姊妹们争夺王位的旋涡之中。作为「血的战士」服侍公主的日郎，在跟想要姬的命而不断地出现的怪物们的战斗中，逐渐知道了姬隐藏了的素颜。
“焰牙”是凭借超化后的精神力将自己的灵魂具现化所创造出的武器。本作的主人公——九重透流，因为拥有这种千人中才有一人具备的能力，所以进入了教授使用“焰牙”作为战斗技术的昊陵学园就读。然而不知为何，透流的“焰牙”并非是武器，而是防具“楯”。就这样，因这种异能而受到了学校众人的关注的透流，遵照被称为“绊双刃”的学园拍档制度，须与银发美少女茱莉整天在同一房间里一同度过……故事也由此正式展开。
“minimum”——小小的奇迹。极少部分人类先天便拥有这种异能。
2014年，奈斯与紫两人组成侦探组合“ハマトラ”，把咖啡店“Now-where”的一角当成事务所。
两人提到一件委托，他们发现这与旧识警察亚特正在追查的连环杀人案有异曲同工之处——被害者全部都是“minimum”能力者。
同为能力者的奈斯和紫也被卷入了案子。
为了实现愿望，年轻人们贯彻“觉悟”进行战斗，跌宕起伏的战斗剧就此开始。
在此岸与彼岸的交界处，八百万神明和服侍他们的死灵——神器，以及被称为妖的魑魅魍魉一同生活着。
某天，普通的女初中生一岐日和因一个意外而遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的穿着运动衫的夜斗。当然，此话不假，夜斗正是没有神社供奉、缺少香火的落魄神明，因为性格缺陷，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五元（日语中“五元”与“有缘”同音）的香油钱折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托 。
然而像这样一个性格粗心大意、性情不定，而且不能很好地听祈愿、没有人知道的神明却有一个能力，那就是将此岸与彼岸以及其夹缝——世上各种杂七杂八的东西斩断。