世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶。某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
近未来的警世预言！
为了防止地球暖化，日本政府决定将东京完全森林化，
但是，那里绝非理想国香格里拉！
21世纪中叶，由于地球暖化造成环境危机，联合国决定强制向各国征收「碳排放税」，以期降低碳排放量。但是日本关东地区发生史无前例的强烈地震，市区完全崩毁，加上日本政府缴不出碳税，因此决定放弃东京，使其成为全世界最大的「森林区」，藉以吸收二氧化碳，减少碳税支出。
同时，日本政府也向东京一千万居民承诺，将于东京上空透过人造建地，打造一个名为「亚特拉斯」的新市区，在空中重建东京及政府组织。在亚特拉斯建造期间，东京的土地逐步被广大的造林地取代，许多住民被迫流离失所，由于暖化在森林区中繁衍开来的热带植物，也引发了早已绝迹的多种热带传染疾病，加上气候的异常，东京市区不断降下暴雨，每每造成大范围的淹水。昔日繁盛热闹的东京市区，俨然成为一座灰暗的死城。
然而，兴建完成的新市区亚特拉斯实际上只能容纳三百五十万人，多数人民无法移居进去，只能在宛如人间炼狱的地面上不断苟延残喘。难民不满的情绪逐渐高昂，激进派反政府组织——「金属世纪」应势崛起，采取激烈的手段，誓言与万恶的日本政府抗争到底。
金属世纪的新一代领袖北条国子是一名18岁女高中生，拥有过人的敏锐直觉，肩负引领「金属世纪」人民的重责大任。因为自己的直觉，她时常能在自己心中听到一个说话声，她试图掌握话声来源，意外发现竟是来自亚特拉斯。国子的内心深信不疑──亚特拉斯正在呼唤她……
故事以三名亚特拉斯候选继承人为主轴展开：
太阳──反抗军「金属世纪」领袖北条国子
大地──日本政府军陆军少尉草薙国仁
月亮──超能力古典美少女美邦
本作主要以魔界为舞台，主角斯塔滋是魔界东部地区的老大之一，作为吸血鬼的他并没有觉得拥有傲慢贵族气质以及吸血人类之血是什么大不了的事情，所以他不会去吸人血。除此之外，他自己十分喜欢并敬仰日本的文化，房间里有不少日本动画、漫画及游戏的收藏。
有一天他的手下碰到了不知为何会出现在魔界的人类女孩柳冬实，命令手下把人带来的他在这段空隙的时间内，忙着打扮、准备着如何打招呼等等，明显这让他十分期待，双方见到后聊着游戏之类的话题。另一边他的手下遇到了侵略者，之后斯塔滋到了现场帅气地击退了侵略者，在回到房间时发现那个女孩已被植物怪兽吞噬只剩下了骨头，而她也化作了幽灵。
虽然对失去魅力的幽灵冬实感到失望，但斯塔滋下定决心要让她复活，故事也就这样展开了。
一个寒冷雪夜，幼小的黑主优姬意外遇上一名吸血鬼。在这个吸血鬼向优姬露出獠牙的生死时刻，一个名叫玖兰枢的纯血种吸血鬼救了她，并将她带到黑主学园请求理事长（黑主灰阎）收留。黑主学园除了一般学生就读的日间部外，还有为了吸血鬼与人类能够和谐相处的，由理事长与玖兰枢合作创办的夜间部。在夜间部就读的学生都是十分俊美优秀的人物，不过这里却隐藏着不为日间部学生所知的秘密－－夜间部的学生全都是吸血鬼。
十年后，为了维持学院安宁，优姬和同样被院长收留的锥生零一起担任学园的“风纪委员”，守护着这个秘密。而最受人尊敬的，也是优姬非常倾慕的玖兰枢，更是被称为“吸血鬼中的吸血鬼”的纯血种吸血鬼一族中玖兰家族的始祖，是站在吸血鬼金字塔端的最高种族之一。如果被纯血种咬过，就会变为LEVELD（曾经是人的吸血鬼，在经过一段时间就会因为无法承受吸血鬼的力量堕落为LEVELE）。而锥生零作为吸血鬼猎人，却在一次家难中不幸被纯血种的绯樱闲咬伤。绯樱闲杀死了零的家人，带走了他的弟弟锥生一缕，零非常憎恨吸血鬼（特别是纯血种）。优姬为抑制零的继续堕落，多次让他吸自己的血。
被称为地狱门的不可侵领域突然出现在东京。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。世界各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失冲动的情感，只遵循“合理性”而行动。围绕“门”的谜团，各国势力和契约者们展开了殊死的利益争夺。
被养父母盯上性命，每天都孤独生活着的美甘家大小姐千津子与世纪怪盗二十面相相遇，开始踏向了未知和冒险世界的旅途。
初次接触到自由的空气，包围在新同伴之间并找到了自己所应在之处的千子，慢慢开始有了改变。
围绕着“二十面相的遗产”这个巨大的谜团，引起了无数奇怪的事件。即便如此，千子还是决定要继续前行，等待在她之前的将是何种的命运……
故事描述一个家中经营餐馆“幸平饭店”的中学生幸平创真，每天总是以料理人的父亲为目标，不断磨练自己的厨艺。他的父亲心血来潮，叫他进入厨艺专校远月学园就读。创真一到那里，不仅邂逅了拥有“神之舌”的女主角薙切绘里奈，而且还在入学典礼的台上出尽风头。于是，创真一方面将克服一连串的严峻考题，同时也将和每一位好敌手在料理场上较劲……
东京大地震十个年头以来，以东京复兴为目的建造的观光与刑务结合，日本唯一的完全民营化刑务所—亡灵幻境。长野县立亡灵幻境4高中初二的学生五十岚丸太在10年之前经历了东京大地震，但是由于年纪小的缘故，对地震前的事情记得不是那么清楚。现今的他过着如此平凡的每一天。这本该是他一直生活的地方。直到一个红色男人的出现，漂浮在空中的这个男人将五十岚丸太所在班级的学生全部杀光，只剩下丸太一人……
男主角玄野计在地铁的月台看见小学时代的好友加藤胜。正义感强的加藤打算帮助掉下了到路轨上的流浪汉，不过，与一起帮助的玄野一起，被驶来的电车撞死了。瞬间，他们出现在高级公寓的室内。应该死了的人们被聚集到那里。房间中央有个神秘的大黑球。「GANTZ」给他们指示，「消灭」外星人，然后再被传送到另一地方。被神秘物体「GANTZ」聚集，应该死了的人们也不明白理由，他们必须与神秘的外星人作战。他们为何必须战斗？并且，能延长寿命吗…
在战乱之后，没有血缘关系的兄妹托鲁与阿卡莉在菲尔毕斯特大陆四处流浪，过着得过且过的日子。某日，他们的粮食耗尽，为了解决这一危机，托鲁前往山林去找寻食材。意想不到的是，就在那儿他遇见了一名有着紫色双瞳、身材娇小却背着棺材的奇妙少女嘉依卡。与她的邂逅，世界由此再度开始转动。就这样，剑与魔法的奇幻物语正式拉开帷幕。