这是一段注定是充满悲伤的半人半妖与人类相爱的故事。6岁的少女竹川萤，在暑假回到乡下爷爷家的路上，于住满山神、妖怪的“山神之森”迷了路。这时，一名戴着面具的少年阿金（一开始翻译是阿金后来改作阿银），答应把萤带出森林。阿金是一位半人半妖的少年，若他一触碰到人类便会消失，所以萤不能触碰到阿金。之后，在每一年的夏天，萤都会回到乡下，希望与阿金重聚，年复一年，变得亭亭玉立的萤与阿银之间也产生了相恋的感觉，可是他们连相互触碰也做不到。后来阿金答应带着萤去参加妖怪的祭典，两个人的手用绑着白布，就想在约会一样。最后祭奠结束的时阿金因碰到人类而即将消失，但是阿金却笑着对萤说：“来吧！萤！我终于可以碰你了！”两人紧紧的拥抱在一起，虽然只是一瞬间，但对他们来说是永恒的。阿金最终化为点点荧光，消失在夜空中。
立志成为绘本作家的高中生仲上真一郎和被仲上家领养的在同一高中就读的汤浅比吕美，还有父母4人一起生活。有一天，真一郎在学校的后院和爬树后掉下的少女石动乃绘相遇。乃绘由于过去发生的某件事而变得流不出眼泪。真一郎在和她相遇之后，同比吕美、亲友野伏三代吉、青梅竹马安藤爱子之间的关系还有自己自身的想法都产生了很大的动摇。他们为了各自的事而烦恼，摸索自己着必须要做的事，逐渐成长。
阿斯特拉艾亚的山丘上，建有三家女子学校。圣米雅特尔女子学园（圣ミアトル女学园）、圣斯毕卡女子学院（圣スピカ女学院）、圣露·莉姆（圣ル·リム女学校）女子学校。而且，在那片土地的尽头是三家学校共用的宿舍—-草莓宿舍。阿斯特拉艾亚的山丘…那里是不允许男子踏入的神圣领域…
优等生村雨纯夏喜欢上了自己的同学风间汐，但是一直没机会能好好传达她的心意而深感郁闷。这两人的身边聚集着形形色色的同伴们：食欲旺盛的乐队成员鸟追きより，少女时尚杂志的模特朱宫正树，以及莲贺朋绘和当麻都子这对百合情侣等等。某日由“成立一个放学后只有女生一起玩的社团吧”的话题引发了事端。
OVA封面作品的男主角椿明本是都立风见台高中的一名普通的二年级生，但自从一位充满“谜”的转校生卜部美琴到来后，椿明的校园生活也变得不再普通了。卜部美琴是一个不会进行社交活动的孩子，她的兴趣是在上下课间的小休睡觉。但有一天，椿明却在她睡觉中叫醒了她，并不小心地舔了她的口水，而美琴也因此而喜欢上了椿明。之后，椿明便开始了各种约会，每当椿明与美琴在一起，他便会越发现美琴的各种谜团，例如她的另一兴趣就是随身带着剪刀，剪下任何东西。
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木阪学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有九名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
女高中生立花萤由于某起事件而半强迫地加入了生存游戏。她被牛郎以及工口漫画家等独具个性的伙伴们包围着，在毫无办法只得进行游戏的过程中感受到了生存游戏的魅力，并以大赛为目标…
樱花飞舞的四月，全新的高中二年级，新的班级……
眼神凶恶，看起来像不良少年的高须龙儿，事实上连跟别人吵架都没有吵过，是个很普通的少年。如今，他正要升上高中二年级，并幸运地跟暗恋一年的栉枝实乃梨和高一时的好友北村祐作同班。另外，高须又为了怎么样才能在新的同学中解除自己是不良少年的误解而烦恼不已，却意外地因为与被称为“掌中老虎”的逢坂大河邂逅而解开大家对他的误解。但同时知道了逢坂大河不予人知的秘密——大河暗恋着龙儿的友人北村。
有一天放学后，大河正要将情书放进北村的书包时，龙儿正好走进教室里。慌忙间，大河将情书误放进龙儿的书包中，于是她决定晚上带着木刀潜入龙儿家中将情书抢回来，没想到放进龙儿书包内的只有信封。以那一夜为契机，大河和龙儿互相结成了友情与支援对方爱情的共同战线。
由于大河一人独居，且完全不会作家事及料理，因此龙儿与大河便常常一起在龙儿家同龙儿母亲吃晚餐、一起上学、一起去超市买料理材料。因为这件事情，他们两人被实乃梨与北村误解正在交往了……
家中经营玻璃工厂的少女深水透子，平时经常到朋友家的咖啡厅里找朋友玩。在高中三年级的暑假，自称可以听到未来的声音的转校生冲仓驱出现在了她的面前。如果，一开始就知道未来的话，自己会想知道什么。因此而动摇的透子，在心中产生了难以忽视的感情。
私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年，原本是为贵族的千金小姐而设，是一所具有深厚传统的天主教女子学园。学园位于东京郊外的武藏野，四面环翠，被诸神守护，是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。
在莉莉安女学园的高中部，存在着一种叫soeur（法语：姐妹）的系统。像是姐姐带领着妹妹一样，学姐指导着学妹，就算没有严厉的校规，也能传承纯洁正派的学园生活。
学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理，其正式的干部成员只有“红蔷薇”“黄蔷薇”“白蔷薇”3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾，作为下届的蔷薇，被大家所认同。
某天清晨，学园的普通一年级生福泽祐巳在向圣母玛利亚的雕像祷告时，被人从后面叫住了。而声音的主人就是红蔷薇的花蕾，莉莉安女学园的明星，小笠原祥子……
小小的领巾促成了命运的邂逅，也拉开了这段美丽少女物语的序幕。