故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
故事发生在私立山星高校中，拥有如同春风一样温暖人心笑容的永濑伊织、外表腹黑毒舌，实际上内心十分细腻脆弱的稻叶姬子、各方面都只能被称为在普通水准的八重樫太一、武功高强却患有男性恐惧症的桐山唯、作风轻浮但其实非常专一的青木义文，这五名文化研究部的部员们像往常一样过着平静的一天，但他们不知道的是，不久之后，他们的命运即将因为某件事情被发生颠覆。
人格转换就这样毫无预兆的发生了，这种只有科幻小说里才会发生的桥段让部员们感到不知所措。然而，震惊之后，兴奋感随之而来，能够利用别人的身体体验这世界的机会不可多得。但随着人格转换的发生，部员们内心深处藏匿着的隐秘感情和伤感过往也无法再继续隐藏，他们能够乐观的面对这些或是伤感或是残酷的真相吗？
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
这里是海上交通要塞珠津岛，有着樱花观赏名所珠津山和号称永不枯竭的池塘千年泉。主人公支仓孝平转学来到珠津岛6年制全寄宿英国贵族学校“修智馆学院”，然而这里却有着吸血鬼……
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇”红世之王”手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
就读于拥有悠久庄严历史的圣玛格丽特学园的留学的东方少年久城一弥，某天在学园图书馆塔上方、绿意盎然的温室内与一位身著华丽服装、犹如洋娃娃般美丽的少女——维多利加相遇。维多利加拥有如侦探一般聪明的头脑和敏锐的洞察力，只要在她所到之处，再怎么离奇的谜团都会被解开。之后维多利加与久城一弥遭遇了种种怪异离奇事件并揭开了维多利加的身世之谜。
一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者，在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的 “三人组”：擅长骗术的御行师——又市先生；擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐；擅长鸟寄的模仿师——长耳先生。至此，卷入了一系列诡异的事件之中，这些事件成就了他的《百物语》的素材。“三人组”从开始到最后都一直充满着神秘感，经常不经意的出现又突然消失，但是他们出现的地方都是伴随着诡异的流言，他们似乎是生活在黑暗世界的人，很有可能是阴间（后期百介在一份资料中查得长耳如果活着的话应该200岁了）。还有那间或出现的京极亭，似乎控制着“三人组”，还有黑庵、白庵这两个欧巴桑，处处都透着神秘。
百介随着“三人组”见识了种种诡异事件，这里面的鬼怪并不像人们平常所想象的那种，他们都是那些平常生活在我们身边的人变的。人性有着黑暗的一面，当你因为某种事而舍弃自己的人性，逃避起来，那扭曲的人心使你开始变成了所谓的“鬼”，一次又一次地犯下罪行，而不自知。带有悬遗的剧情、弥漫着的恐怖的氛围、四处飞溅的鲜血、各种贪婪变态的行为处处给你以心灵的震撼，“三人组”以他们特有的手段将那些隐藏在暗处的罪恶曝露在人前，再对他们用符进行“御行为奉”。伴随着寂静的铃声，又市缓缓道出：“踏上正道便能功成名遂，步入歧途就会堕入深渊，毕竟不过是梦境和虚幻，邪念和野心在黑暗中消失，留在世间的只有诡异流言。”