故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德拉丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特・巴顿，她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是，玛格丽特独自一人回到了那芙列斯，可是已失去了记忆，她唯一能回想起的只有“玛德拉丝”这一个词，然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣，她们开始对安纺展开独立的调查。
故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
公元2061年。所谓的全球变暖早已成为历史，而这时的世界已经被冰河期初期的环境所笼罩。住在意大利图斯卡纳的伽利略后代三姐妹——叶月、神月、星月，突然遭到谜之组织的袭击，之后更是变成了国际通缉犯。谜之组织的目的是“伽利略的遗产”，而对此一无所知的三姐妹，必须携起手来，共度难关。然而问题是，这三位姐妹性格差异过大，想让她们齐心协力，难度实在有点大。
所谓的遗产与组织的真相究竟是？三姐妹的命运又会如何？
三人三样的少女们，即将展开战斗系动作冒险剧。
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
2039年、人类由暖化伴随的海面急剧上升、在陆上失去了庞大版图。
犹如与其呼应、云缠雾绕的谜之军舰群“雾之舰队”出现在世界各地的海洋、以搭载之超兵器开始攻击人类船舰。
人类投入持盈履满的战力、面临最终决战”大海战”、反在”雾”的压倒性武力前脆弱地落败。
全海域、搬运途径都遭”雾之舰队”封锁、政治经济於是崩坏、人类走回疲弊一路───────
自”大海战”後七年。
士官候补生・千早群像面前浮现了”雾之舰队”的潜水舰”I-401″。
该是敌人的”I-401、会对与其MENTAL MODEL”IONA”相逢之群像、以及人类带来什麼呢？
这里是海上交通要塞珠津岛，有着樱花观赏名所珠津山和号称永不枯竭的池塘千年泉。主人公支仓孝平转学来到珠津岛6年制全寄宿英国贵族学校“修智馆学院”，然而这里却有着吸血鬼……
机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
涉谷发生大规模恐怖活动事件的2年后，少女迦南在上海接受了对抗犯罪组织的要求，经历着与武装集团“蛇”对抗的日子。犯罪组织“蛇”的首领阿璐法鲁多是过去与迦南共同战斗的伙伴，两人分道扬镳之后，一直潜伏在南亚。
另一方面，自由作家御法川在三流杂志社“heaven出版”与他的助手摄影师玛利亚一同去上海取材，玛利亚感觉到她在中东认识的少女迦南就在附近。混合了繁华和杂乱“魔都”上海，被笼罩在曾经震慑涉谷的病毒阴影之下，人们命运再次开始交织在一起。
新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇”红世之王”手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”