少女小夏睁开眼睛，看到周围都是大海。突然被卷入汹涌大海的她，与阿岚、蝉丸、牡丹一起达到一座岛屿。在这个岛上蔓延着未开化的丛林，他们不断受到巨大化的植物、凶暴化的动物和昆虫袭击，再次面临与死亡相邻的求生生活。
在那种情况下，他们从自称是向导的人物那里听说了一个让人难以置信的计划。这就是为了避免人类灭绝，将年轻健康的人类冷冻保存起来，为灾难过后的地球留下人类的种子的伟大计划——“7SEEDS计划”。
他们初次知道自己正是被这个计划选中的人类时感到愕然。
“7SEEDS计划”选中的年轻人在这个时过境迁的世界，即使环境再残酷也要拼命地生存下去。
人们从出生开始就被赋予了一本书。从生到死按照“命运之书”记载的脚本生存下去的宿命。
在此之中，持有空白脚本的“空白之书”出生的艾克斯，与同样拥有“空白之书”的同伴们相遇，踏上了寻找自己使命的旅程。
这是一部被不断阅读过的童话故事。
以被红色的雾所覆盖、荒废的建筑物所包裹的无人世界为舞台，讲述了三姐妹与被称作“虫”的异形怪物战斗的求生故事。
故事的核心人物是以盘发为特征的凛、稳重大方的猫耳大姐律、穿着女仆装的天真烂漫的气氛制造者鸣。在谜团重重的世界里，姐妹的目标究竟是……
在一片荒野的广阔世界，突然从天空掉落下各种各样的物品。它们急剧地改变了人们的生活，尤其是飞机带来的影响最大。那之后，世界的潮流转移到了天空。
时光流逝——
被人们雇佣的保镖部队“寿飞行队”， 与严厉的美貌女社长、不靠谱的现场指挥官、有工匠气质的整备班长等充满个性的同伴们一起，为了守护客户的重要货物，今天也要同隼号战斗机翱翔长空。
2018年，10月。住在某地方都市的少女们，举行了某个仪式。
她们是“矿石收音机研究会”。那是性格开朗的女孩子土宫明日架，与同所高中的朋友们所成立的社团。在一次游戏中，她们效仿都市传说举行了“某个仪式”。
这个仅仅只是充满了都市传说味道的仪式，却在数种条件偶然重合之下，演变成了无法一笑了之的事态——
在一个人类和魔宠共存的世界，虽然两边有时会彼此发生冲突，但有一种被称为“愈术士”的人类，拥有治愈及引导魔宠的能力，为了帮助瓶装少女“梅露可”恢复记忆，身为见习愈术士的主角展开了未知的冒险旅程。
在空崎市，存在着一支只由少女组成的神秘特工组织“月影”。为守护城市的和平，她们进行着各种机密作战，同时抵御邪恶犯罪组织“魍魉”对城市的入侵。机缘巧合下，平凡无奇的女高中生源桃被“月影”选中成为其中一员。她师从前辈成员半藏门雪，与同伴一同踏上对抗邪恶、守护城市的成长之路。
“我不拯救世界，只管杀哥布林。”
据说这间边境公会里，有个只靠讨伐哥布林升上了银等级（位列第三位）的罕见存在……一名女神官成为冒险者后，首次加入团队，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是这名被称为“哥布林杀手”的男子。
他不择手段，不辞劳苦，只致力于扫荡哥布林。 在他身边，有着饱受折腾的女神官、自己非常感激的柜台小姐，等待着他青梅竹马的牧牛少女。一名森人（妖精）少女听闻他的事迹，也前来委托任务——
在大楼的地下最下层醒来的少女，瑞吉儿。她失去了记忆，连自己为何会在此地都不知道。她以地上为目标在大楼中徘徊，此时出现在她面前的是脸上包着绷带，拿着死神般镰刀的杀人鬼札克。
“我想拜托你……拜托你，杀了我。”“帮我一起从这里出去吧。那样的话，我就会杀了你。”
两人的奇妙羁绊，以这一“誓言”为契机而逐渐加深。这里究竟是何处？两人为何被囚禁在此地？等待着他们的命运是什么？两人逃离密闭大楼的决死之行就此开始了……！
历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧，似乎有前所未见的世界延伸开来。
火焰之水、冰之大地、砂之雪原……。记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。
在时间流转，墙壁被巨人毁坏的现在，人类正一步步接近世界的真相。
巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？
在艾伦等104期兵的加入下，建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人，阻拦在开始行动的他们面前。