人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。
人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。
迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索（Grand Order）”。
这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统治，以繁荣而自豪的乌鲁克之地，在三柱女神及众多魔兽的蹂躏下面临灭亡的危机。以及，通过前往过去的时间旅行——“灵子转移”而到达乌鲁克之地的藤丸与玛修，所遇到的是阻挡住魔兽猛攻的要塞都市·绝对魔兽战线，以及人们那即使暴露于威胁之下仍然拼命求生的样子。袭来的诸神与魔兽。以及对其反抗的人类——
这里是人与神分道扬镳，命运的时代。跨越了六个探索（Order）的两人——藤丸与玛修所挑战的最后一战开始了。