主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
“minimum”——小小的奇迹。极少部分人类先天便拥有这种异能。
2014年，奈斯与紫两人组成侦探组合“ハマトラ”，把咖啡店“Now-where”的一角当成事务所。
两人提到一件委托，他们发现这与旧识警察亚特正在追查的连环杀人案有异曲同工之处——被害者全部都是“minimum”能力者。
同为能力者的奈斯和紫也被卷入了案子。
为了实现愿望，年轻人们贯彻“觉悟”进行战斗，跌宕起伏的战斗剧就此开始。
本作故事略带悬疑色彩，舞台设立在了特别的地方——美浜学园，主人公风见雄二转校来到这里，而这个学园中只有5名少女：喜欢独处的大小姐、温柔而且喜欢照顾别人的少女、金发双马尾的傲娇女、天真活泼的妹系角色、认真且喜好穿女仆装的班长。与这5名性格各异的少女相遇，雄二的命运会发生什么变化呢，而总共只有6个人的美浜学园究竟隐藏着怎样的谜团，这一切正要开始上演。
在此岸与彼岸的交界处，八百万神明和服侍他们的死灵——神器，以及被称为妖的魑魅魍魉一同生活着。
某天，普通的女初中生一岐日和因一个意外而遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的穿着运动衫的夜斗。当然，此话不假，夜斗正是没有神社供奉、缺少香火的落魄神明，因为性格缺陷，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五元（日语中“五元”与“有缘”同音）的香油钱折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托 。
然而像这样一个性格粗心大意、性情不定，而且不能很好地听祈愿、没有人知道的神明却有一个能力，那就是将此岸与彼岸以及其夹缝——世上各种杂七杂八的东西斩断。
不久的未来，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，人们被驱逐至狭窄的领土并怀着恐惧与绝望苟且偷生。居住於东京地区的少年里见莲太郎是对抗原肠动物的专家“民警”一员，而他的搭档蓝原延珠则是一位有点早熟女孩子。以特殊能力战斗的两人某天接获了政府的特别命令，内容则是避免东京毁灭的高度机密任务……
2036年，日本东京核电厂发生爆炸，全市受到严重的核辐射污染，遭到封锁。这座曾经繁荣的首都城市如今变成了死城。与此同时，三名经过基因改造的、体内具有辐射抗体的女高中生，成立了一支代号为“柯佩莉昂娃娃”的救援队伍。她们仅凭借三人之力，以自己的眼睛去搜寻着生还者。在救援过程中，她们面临着危险的断垣残壁以及恐怖的变种生物，她们要在困难中突出重围，拯救生还者。
外场村是一个几乎与外界隔绝的村落，虽然距离大城市只有一小时的车程，但是很少与外界接触。这里的村民一直以来都保留着土葬和其他古老的传统习俗。
于八月份晚，村民举行送虫祭的晚上，村民发现一辆神秘的搬运公司货车正驶入村子。不久村民发现住在山入的三名长者离奇死亡，尸体被野狗咬得残缺不全。之后村子里不断地有村民离奇死亡和搬迁。正当大家讨论着连大屋一起新搬进来的一户人家之时，尾崎医院院长敏夫和寺院副住持静信开始调查令村民离奇死亡的“传染病”，发现了惊人的内幕，尸鬼故事由此开始
天马贤三被称为天才医生，在西德留学研习医术。因为他卓越的医术而被爱斯勒医院院长和同事赏识
天马贤三，更是被院长千金爱娃所爱慕。就在他春风得意之际，因为一次违抗院长的命令救了一名生命垂危的小男孩约翰，之后他的生活完全发生了变化。他牺牲了自己的一切拯救了那位男孩，却没想到自己亲手复活了杀人怪物
到处旅行靠贩卖一些小商品为生的商人罗伦斯，从因为收获祭而沸腾的帕斯罗村回来后却发现自己的运货马车中貌似有什么东西在里面，罗伦斯把麦束拨开一看，里面却睡着一个长有狼耳和狼尾巴的少女。这位少女自称是“掌控丰收的贤狼——赫萝”，靠麦子为生的她如果遗失了脖子上挂的帕斯罗当地麦子就会死。赫萝死赖着罗伦斯希望他能够带她回到遥远的北方故乡，见到少女的一只手变化成狼脚的罗伦斯，虽然一边怀疑赫萝的身份，但一边也答应让想回到出生的「遥远的北方」的少女一同旅行，于是，狼女与商人“完全没有剑与魔法的”旅行由此展开。
某天，老牌网游《幻境神话》在引入第十二次资料片改版“开拓智域”之后，将日本三万名在线用户囚禁在了游戏中。
而游戏资历8年的大学生·城惠也被卷入了异世界之中。不断的与怪物战斗、想死也死不去的际遇。发生任何风吹草动都会被不安驱使的玩家充斥在街头，大和地区的最大都市“秋叶原”就这样失去了秩序。如同一匹孤高的狼般自负的城惠和老朋友·直继、美少女刺客·晓一起创立了公会“记录的地平线”。
于是，在这个现实与游戏奇妙融合的世界中，不善与他人交往的内向年轻人和伙伴们就此一起踏上了从废墟秋叶原开始改变世界的旅程。