机巧魔术，那是人形使们用来操纵内藏着魔术回路的自动人形而用的魔术，拥有这种技术的最高学府是英国的沃普尔吉斯王立机巧学院，目前正举行着决定人形使之顶点“魔王”，通称为“夜会”的战斗。
如今有两个人影正走过它的大门，来自日本的留学生赤羽雷真与他的伙伴的少女型人形的夜夜，为了得到“夜会”的参加资格，雷真决定直接用决斗的方式从参加预定者那里夺取资格。
目标是次期魔王有力候补，外号是暴龙的美少女夏洛特，但是没想到在决斗途中竟然发生意想不到的插曲……
涉谷发生大规模恐怖活动事件的2年后，少女迦南在上海接受了对抗犯罪组织的要求，经历着与武装集团“蛇”对抗的日子。犯罪组织“蛇”的首领阿璐法鲁多是过去与迦南共同战斗的伙伴，两人分道扬镳之后，一直潜伏在南亚。
另一方面，自由作家御法川在三流杂志社“heaven出版”与他的助手摄影师玛利亚一同去上海取材，玛利亚感觉到她在中东认识的少女迦南就在附近。混合了繁华和杂乱“魔都”上海，被笼罩在曾经震慑涉谷的病毒阴影之下，人们命运再次开始交织在一起。
新学期刚开始，高中生·坂井悠二一如往常过着“日常生活”。然而有一天，他冷不防遭遇”红世之王”手下的侵袭。受到一名能够把人的存在化为灵火，并吸取灵火的神秘男子法利亚格尼的攻击。悠二的“日常”生活因此整个脱节，然而就在同一时间，一名少女出现在他面前。
少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。”
就读于拥有悠久庄严历史的圣玛格丽特学园的留学的东方少年久城一弥，某天在学园图书馆塔上方、绿意盎然的温室内与一位身著华丽服装、犹如洋娃娃般美丽的少女——维多利加相遇。维多利加拥有如侦探一般聪明的头脑和敏锐的洞察力，只要在她所到之处，再怎么离奇的谜团都会被解开。之后维多利加与久城一弥遭遇了种种怪异离奇事件并揭开了维多利加的身世之谜。
鸣海孝之是一位面临考试的三年级学生，每天平平凡凡地生活。他与死党平慎二及水泳部主将速濑水月一直是好友的关系。后来他认识了一直对他有好感的凉宫遥。在速濑水月穿针引线下向孝之表白成功。
同样喜欢孝之的正是他的好朋友速濑水月，她知道孝之和凉宫遥开始恋爱后变得迷失。在暑假结束的一天，当孝之正赶往与凉宫遥约会途中遇到速濑水月，她以生日的借口希望孝之买一只戒指作为生日礼物，怎知这就是恶梦的开始：当孝之来到与凉宫遥的约会地点时，看到一个已经在处理中的伤害现场以及染血的蝴蝶结，那人就是为了等待迟到的鸣海孝之而遇上车祸的凉宫遥。
三年后，孝之放弃大学深造而成为餐厅侍应，水月放弃游泳而成为OL，两人过着同居生活。一天孝之收到凉宫遥苏醒的消息，但凉宫遥的记忆还停留在三年前，孝之、水月及凉宫遥的家人欺骗凉宫遥，说她在昨天遇到车祸。孝之在这三年里仍然无法忘记凉宫遥，正面临影响三人命运的交叉点。
由于电视动画版是依据游戏版水月路线的结局，2007年推出OVA版(游戏中凉宫遥结局)。
一个弱质纤纤的女孩，母亲过身後投靠亲戚开始新生活。熟口熟面对不起，这不是你从小到大耳熟能详的催泪感人卡通片，而是吓你一惊的黑暗少女成长物语。母亲被老鼠咬死的小孤女，凭著一个地址，以为找到靠山，怎料却来到怪人汇聚的杂技团。小孤女做苦工被欺凌後再被强暴，可幸最终找到真心爱她的侏儒魔术师共谐连理。怎料恶梦仍然未了，小孤女只能叹句天意弄人。丸尾末广的这部漫画，由絵津久秋改编成动画，画功细致得来又充满奇幻，极尽暴力血腥色情的能事，堪称动画版的三池崇史。
1999年，长野县长野市松代的皆神山坐落着一座私立学院。这座学院因为接二连三发生奇怪现象，被周围的人称作“超自然学院”。这座学院的校长和学生都夜以继日的研究这些奇怪现象。校长去世后，非常讨厌“超自然”的校长的女儿神代玛雅接替了他的位置，她遇见了从2012年穿越来的内田文明。这之后，他们二人不断遭遇学院内的奇怪现象，最后终于得知了内田文明回到1999年的理由。
平凡的世界，不平凡的人物，交织出不可思议的故事情节。
题材新颖、写作风格精致见长的脚本家伊藤和典；配上擅长表现人物内心情感的监督望月智充，由这组合所策划出的原创动画”绝对少年”。
“从现实认知到的东西，不单单是这世界的全部。”
将由于不了解真正的自己，而陷入彷徨的少男少女其内心的成长，温和的展现出来；从无法肯定存在的”迷离”进而到对自身认同的”绝对”，这便是绝对少年的世界。
你，也想来一同探索吗？
故事分为前后两部份，由「田菜编」和「横滨编」构成。两部分有各自不同的舞台。
田菜编(1～12集）发生夏天的乡下城市
横滨编(13～26集）是前半部分发生的二年后的都市的冬天。
在这个地方，步遇到的每个人都非常与众不同：和自己同年的少女深山美纪，以及她那能和布娃娃对话的妹妹美玖，素行不良却十分重视义理的亮介，优等生模样却猜不透内心的拓马，到后来甚至连”光之妖精”－わっくん都出现在他眼前，形形色色的人事物都让本以为生活毫无意义的步，由脱离到常识范围之外，进而慢慢慢慢意识到这个世界其实是充满著多样性及能肯定自己存在的事物。
17年前，非洲战场上突然出现了不会死的“人类”。而自从那之后，人类当中频繁地出现了这种不死的新物种，因此被称为“亚人”。主人公永井圭在遭遇交通意外之后被确认了是亚人，不想成为实验动物的他，便与好朋友海斗，展开了浪迹天涯的旅行。
在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里，伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝，在持续追寻着“黑兔”的踪影，另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上，一场幻想动作剧即将上演。