被无法与人类沟通的异生物——奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。为了生存，他们制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船，并在宇宙中进行旅行。在千年后的今日，这支原本庞大的舰队早已四散漂零，幸存的播种船也大多在孤军奋战。
在原本由日本国政府建造的播种船希德尼娅上，在地下层部长大的少年谷风长道自祖父死后在寻找食物的过程中误入上层市区，并在一番追逐后被逮捕，令他意外的是，舰长小林并未加以处罚，而是将其送入人型兵器「卫人」的操控师训练学校（军校），并要求他成为一名卫人驾驶员为希德尼娅效力。 在这段暴风雨前的宁静之中，他认识了第一个友人科户濑伊佐奈，并对星白闲(学生代表，排名第二的操控师)开始抱有异性意识，并认识了岐神工业（军工）的少当家，高傲的岐神海苔夫(排名第一的操控师)。
和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，初入敌阵的谷风长道和队友们将如何应对？
关乎人类存亡的战斗现在开始了！
本故事是与“第501统合战斗航空团强袭魔女”位于相同世界、相同时间轴的别动队不战斗的魔女们的活动记录。这是一部由被粘贴“不适合战斗”标签的女孩们以浑身散发不可思议氛围、拥有夜战魔女资质的主角金妮为中心，将各自所拥有的微小力量转化为歌声与舞蹈，在从低谷慢慢往上爬的同时，为世界各地的人们带来笑容的故事。
被无法与人类沟通的异生物·奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。他们为了生存制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船希德尼娅，并在宇宙中进行旅行。
经过了1000年后，时值希德尼娅出航纪元1009年，由地下层部培育的少年谷风长道自祖父死后而来到上层市区。并入学巨大人型兵器“卫人”的操控师训练学校，这也是谷风长道首次与外界人接触。
令谷风长道首次抱有异性意识的女性是星白闲，谷风长道首次的友人是无性别的科户濑伊札那，令谷风长道意识到挫折的少年是岐神海苔夫。
在和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子。遭遇沉寂了100年后的突袭，作为人类的谷风长道将如何抉择？
关乎人类存亡的战斗由此开始了。
相良宗介他们“秘银”，遭到了“汞合金”的强袭！
这次是动真格的战斗了！！
打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。然而，这样的日子并未持续很久……。一直处于下风的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！
宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！
他们拥有梦想。总有一天，飞向广阔天空的梦想。知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。
遥远的未来。人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。在那当中建造的驾驶员居住设施“槲寄生”，通称“鸟笼”。孩子们就住在那里。对外面的世界一无所知。对自由的天空一无所知。他们被告知的使命，只有战斗而已。敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“弗兰克斯”的机器人。他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。
有一位曾被称作神童的少年。代号016。名字是广。但他现在却跌落谷底。是不被人需要的存在。如果没有乘上弗兰克斯，就如同不存在一样。在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。她的额头，长着两根艳丽的角。
“——找到了哦，我的达令”
这是一个美苏两个超级大国仍然在明争暗斗的时代，分成东西两大阵营的人类虽然没有进行大规模的军事行动，但是在不为人知的背后世界里，各国的情报人员正进行着残酷异常的间谍战。相良宗介中士是神秘的国际组织米斯利尔特殊部队成员，专门在世界各地即将发生战争或武装冲突的地区从事组织下达的秘密任务，化解危机。这一次宗介接到了一个在日本当地的任务，要他化装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟要。这位蓝发少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但却成为各国间谍秘密争夺的目标。为了保护千鸟，宗介驾驶机动战士“Arm Slave”与其它神秘组织对峙。使得都立阵代高校成了一块危险之地，校内随时发生疯狂的机枪扫射及山崩地裂的爆炸事件。
有一个和我们所生存的的地方非常相似，充满了魔力的世界。在那里，到处都是战乱和灾荒。
魔力，那是出现年幼的少女身上，随着年龄的增加渐渐消失的谜一般的力量。拥有那种力量的少女们不需要手就能移动东西，使之漂浮空中，还可以借由魔力生成领域来保护别人。被称为魔女的她们，受人尊敬，予人畏惧。
故事剧情描述的是一个有关“第二次冲击”的记事，公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近，高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此,当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上
故事将从2001年起回溯到18年前。1978年巴莱奥罗格斯作战大败，次年波兰陷落。由于这两个原因，东德在1983年成为欧洲防卫的最前线，炽烈的战火开始蔓延。 由于BETA集群的大规模攻势，东德部队的防线陷入了困境。 东德的头号战术机甲部队，第666战术机甲中队“Schwarzes marken”受命，须以区区8骑的战力去消灭布阵在后方的光线级BETA，以逆转战局。 面对数目庞大的BETA，暴雪不断的恶劣天气，以及国家权力施加在自己的头上的重压，被迫在严酷的条件下进行作战，他们的命运将走向何方。
闪耀着蓝色光辉的矿石“吉夫特矿石（Gifuto Ziumu）”所覆盖的大地，行星吉夫特。宗吾·天城是住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇，靛蓝花园的纯朴少年。以收集稀少矿石为乐趣的宗吾，某天被卷入同级生卡恩、罗曼、欧特等人引发的骚动，迷失在矿山深处的地底湖。在那里，宗吾遇到了一位不可思议的少女。随风飘逸的蓝色长发，直直凝视的红色瞳孔。她究竟是什么人，这次邂逅给宗吾带来了什么？随后，缔结的羁绊将打开通往冒险的大门！