故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德拉丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特・巴顿，她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是，玛格丽特独自一人回到了那芙列斯，可是已失去了记忆，她唯一能回想起的只有“玛德拉丝”这一个词，然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣，她们开始对安纺展开独立的调查。
在基于兴趣而参加的可疑巴士旅行当中会合的30名年轻男女。旅行的目的地是名为纳鸣村的、无从确定其存在的幻影之村。在“纳鸣村”能够不受现世的羁绊束缚，如同乌托邦一般地生活……他们低语着，这如同都市传说般的话语。对现实的世界绝望了，想要逃离无聊的日常，想要让人生重来。
载着怀抱各自的思绪及心中伤痛的30人，巴士驶向大山深处。之后，30人所到达的地方是，早已腐朽、毫无生活气息的无人集落。
30人到达的“纳鸣村”的真相究竟是？
故事发生于日本江户时代，天下太平之世。受骏河大纳言·德川忠长之命，把通常只用木剑进行的御前比赛改由真剑进行比试。这个御前比试中有2位剑士藤木源之介和伊良子清玄。藤木为独臂而伊良子则是盲人，这2人都出自于被传为绝世剑士的岩本虎眼门下的道场。两人出现在比武大会即是继承岩本道场为目标达到武士道的顶点，而顶点永远只需要一个人，于是围绕着这2人的命运为轴展开了一场血腥厮杀。
故事的主人公是在某个陈旧的房屋中过着单身生活的高中生夜知春亮。某天夜里，当他醒来之时因为感觉到了厨房里有可疑迹象而很担心，在那里竟然有个吃着脆饼干的全裸女贼。这个名叫菲娅的少女表示自己是被诅咒的道具，为了解除诅咒而访问了夜知家。拥有能承受诅咒体质的春亮与那位美少女的同居生活开始了，然而这只是一切的开始！两人与同是同居者的黑绘一起，与想要企图找出及破坏被诅咒的道具的各种各样的组织展开战斗。
战后一段时期内的东京，美少女分尸杀人事件引起世间的骚乱。这其中，引退的前女优柚木阳子的妹妹也行踪不明。与此同时，出现了祭祀匣的奇异的灵力者，接著巨大的匣型建筑物的存在开始浮显於世，围绕著匣所发生了许多奇怪的事件……於是，侦探榎木津礼二郎、作家关口巽、刑事木场修太郎等与事件相关的人物都聚集在了京极堂的身边。
原电影女演员美波娟子的妹妹加菜子，不知道被谁给带走了。当时正好社会上发生了种种事件，如在东京八王子发生的连续杀人碎尸案，“御筥样”祭祀时宗教奇妙的传言，和箱型建筑物之间存在的联系……驱魔的京极堂、小说家关口、刑警木场、侦探榎木津，开始追踪事件真相！
继人气玩具设计师鹭月子在回家途中被袭击之后，小学生牛山尚吾、家庭教师蝶野晴美、警官蛭川也被同一个少年用金色球棒击倒。“球棒少年”戴着遮住眼睛的棒球帽，手持金色球棒，脚上穿着金色的旱冰鞋。接手这个案件的猪狩警官发现，先后受袭的几个人之间，有着丝丝缕缕的相互联系，而他们中的每一个，在被袭击之前都正在承受巨大的心理压力……
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者，在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的 “三人组”：擅长骗术的御行师——又市先生；擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐；擅长鸟寄的模仿师——长耳先生。至此，卷入了一系列诡异的事件之中，这些事件成就了他的《百物语》的素材。“三人组”从开始到最后都一直充满着神秘感，经常不经意的出现又突然消失，但是他们出现的地方都是伴随着诡异的流言，他们似乎是生活在黑暗世界的人，很有可能是阴间（后期百介在一份资料中查得长耳如果活着的话应该200岁了）。还有那间或出现的京极亭，似乎控制着“三人组”，还有黑庵、白庵这两个欧巴桑，处处都透着神秘。
百介随着“三人组”见识了种种诡异事件，这里面的鬼怪并不像人们平常所想象的那种，他们都是那些平常生活在我们身边的人变的。人性有着黑暗的一面，当你因为某种事而舍弃自己的人性，逃避起来，那扭曲的人心使你开始变成了所谓的“鬼”，一次又一次地犯下罪行，而不自知。带有悬遗的剧情、弥漫着的恐怖的氛围、四处飞溅的鲜血、各种贪婪变态的行为处处给你以心灵的震撼，“三人组”以他们特有的手段将那些隐藏在暗处的罪恶曝露在人前，再对他们用符进行“御行为奉”。伴随着寂静的铃声，又市缓缓道出：“踏上正道便能功成名遂，步入歧途就会堕入深渊，毕竟不过是梦境和虚幻，邪念和野心在黑暗中消失，留在世间的只有诡异流言。”
一个弱质纤纤的女孩，母亲过身後投靠亲戚开始新生活。熟口熟面对不起，这不是你从小到大耳熟能详的催泪感人卡通片，而是吓你一惊的黑暗少女成长物语。母亲被老鼠咬死的小孤女，凭著一个地址，以为找到靠山，怎料却来到怪人汇聚的杂技团。小孤女做苦工被欺凌後再被强暴，可幸最终找到真心爱她的侏儒魔术师共谐连理。怎料恶梦仍然未了，小孤女只能叹句天意弄人。丸尾末广的这部漫画，由絵津久秋改编成动画，画功细致得来又充满奇幻，极尽暴力血腥色情的能事，堪称动画版的三池崇史。
故事是以四方田千纱的自杀拉开序幕的。四方田千纱自杀的时候，留下了全剧发展的线索，她说：像我这样的人，原本不应该存在在这个世界上。为什么不应该存在于这个世界上？能不能获得突破？岩仓玲音在之后做出了证明。她自杀后，作为她的同学陆续收到了死者的电子邮件。在同学间引起了惊恐和骚动。岩仓玲音此之前一直从来没有注意过或者说刻意逃避的问题——生与死，便骤然展现在她眼前。她问四方田千纱：可是，为什么要死呢？四方田千纱回答：生和死，其实都是一样的。没有什么不同。人不需要肉体。在四方田千纱自杀风波过后，玲音就好像一个被激活了的程序，突然间开始意识到自己或者说自我也就是本我实体的存在。她逐渐发觉这个世界有点异样。或者说她自己有点异样。。。。。。。。。。。。。。。。。。。