15年前，世界发生了一场前所未有的“大灾害”，在日本的废墟上，居住着被称为“食人者”的怪物，幸存的人们只能互相依靠、小心翼翼地在这个世界上生活。
在东京经营着“万事屋”的贵留子，接受了一名女性的神秘委托，任务是将少年小丸护送到“天国”去。小丸称：“据说“天国”里有个与自己长相一模一样的家伙。”但除此之外便一无所知，于是两个人就这样踏上了寻找“天国”的旅程。
另一方面，有一群孩子生活在高墙耸立的“学校”中，这里有园长和温柔的老师等，他们每天都过着富足而平静的生活。某天，其中一名少年“时男”收到了一则神秘信息。
“你想去外面的外面吗？”对于第一次萌生的疑惑，孩子们对原本的生活开始产生了动荡。
日本全境吹着会让一切锈化的“锈蚀风”。人们过着惧怕城镇和生命被锈蚀的生活。
赤星毕斯可是个为人忌讳的“蕈菇守护者”一族的少年，他为了拯救濒死的师父，踏上寻找能净化一切锈蚀的蕈菇灵药“食锈”的旅程。
旅行途中，他在忌滨邂逅一名貌美的少年医师猫柳美禄，美禄也同样在寻找方法，对付侵蚀重要姊姊的锈蚀。当两名少年携手为了拯救所爱的人时，新的冒险即将展开。人心至今，依旧不锈。
面对突然出现的未知生命体“伽德鲁”，人类突然面临灭亡危机，而后经过了漫长的岁月。幸存下来的人们为了摆脱“伽德鲁”的威胁和侵害，建造了高度为3000M的巨大移动要塞“DECA-DENCE”，过上了平稳的日子。
住在“DECA-DENCE”里的分为两种人，日夜与“伽德鲁”战斗的战士“齿轮”以及不具有战斗能力的“槽者”。非常憧憬与“伽德鲁”战斗的战士“齿轮”，梦想着自己也能成为“齿轮”的“槽者”少女·枣，在某天与态度冷淡的“DECA-DENCE”修理工·镝木相遇。
没有放弃梦想的积极少女与放弃了梦想的现实主义男子。乍看之下性格似乎完全相反的两人之间的相遇，终将对这个世界的未来产生重大影响。
少女小夏睁开眼睛，看到周围都是大海。突然被卷入汹涌大海的她，与阿岚、蝉丸、牡丹一起达到一座岛屿。在这个岛上蔓延着未开化的丛林，他们不断受到巨大化的植物、凶暴化的动物和昆虫袭击，再次面临与死亡相邻的求生生活。
在那种情况下，他们从自称是向导的人物那里听说了一个让人难以置信的计划。这就是为了避免人类灭绝，将年轻健康的人类冷冻保存起来，为灾难过后的地球留下人类的种子的伟大计划——“7SEEDS计划”。
他们初次知道自己正是被这个计划选中的人类时感到愕然。
“7SEEDS计划”选中的年轻人在这个时过境迁的世界，即使环境再残酷也要拼命地生存下去。
以被红色的雾所覆盖、荒废的建筑物所包裹的无人世界为舞台，讲述了三姐妹与被称作“虫”的异形怪物战斗的求生故事。
故事的核心人物是以盘发为特征的凛、稳重大方的猫耳大姐律、穿着女仆装的天真烂漫的气氛制造者鸣。在谜团重重的世界里，姐妹的目标究竟是……
人类繁华的文明迎来终结的很久以后，人类基本灭绝，甚至生物都不再存在的末日世界。复杂够高的都市成为迷宫般的废墟，得不到维护的机械渐渐停止运转。连何时终结了，何时开始终结的思考都不复存在的这个世界，2名少女继续着她们的旅行。千户与尤莉今天也坐着爱车半履带摩托在废墟中彷徨。
在终末世界中温暖地求生的反乌托邦幻想剧，就此开幕。
人类愚昧的战争使世界被冰雪覆盖，走向灭亡。曾以兴盛为荣的文明也加速走向荒废，人口骤减十万。在这个连繁星都看不见的世界，已经难以在地上生活的人们组成集落挤在地下生活着。曾经打着「废墟猎人」名号的男人，以过去发生的某件事为契机而改名为「传颂星星之人」，向他所到访的集落传递“繁星的美丽”。因他知识的深度和氛围，不知不觉中，人们开始叫他“星之人”，非常尊敬他。在世界中旅行，渐渐老去的星之人，唯一的牵挂……。星之人在旅行途经的某个集落倒下，并在那里和利未、约伯、路得这三个少年少女相遇。星之人看着他们对星星抱有兴趣的样子，想起了自己年轻时曾经遇见的那个机器人少女。和她相遇的地方，是曾被称为封印都市的地方……
在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。
那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市（封印都市）。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。
“恭喜您！您正正好是250万个客人！”
对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入（封印都市），被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。
“要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家呢”
在大战的影响之下，连星星都无法再看见的濒临毁灭的这个世界，他究竟在那里看到了什么。一年之中只有7天能够运行的机器人少女，苏醒的那一天正遇上那偶然的到访。
奇迹就这样发生了——。
故事讲述的是在近未来的某个时间，人们已经不生存在自然世界中，而是生活在Romdo（穹顶）里；人类不需要感情的存在，只要遵守秩序，就能成为良好市民，维持生命。故事从移民Vincent来到穹顶开始，他的监护人Re-I是个美丽的警局工作人员，同时也是穹顶最高执政者的孙女。Vincent到来后不久，穹顶就发生了多起杀人事件，并有许多autoreiv被感染（autoreive为智能型机器人，有工作型、伴侣型、宠物型等等，所谓的感染即是被cogito侵蚀，简单来说就是产生了自我意识和情感），Re-I着手调查此事，新上任的警备局局长Raul也带着他的autoreiv出动。在此期间，Vincent的autoreiv感染死亡，并出现巨大的怪物追击他；Re-I在自己家中被怪物袭击，惊吓过度被送进医院。灰暗的画面，琐碎的情节，支离地构筑起Romdo的管理执法体系以及错综的人物关系；直到Vincent被当作违法者，而他又误会Re-I出卖了自己，心灰意冷之下，明白自己无法成为良好市民的他逃离了Romdo——用在旁人看来是自杀一样的方法。之后，故事出现了转机，令人惊讶的发现原来世界上并不只有Romdo的存在。
故事是讲述世界的人口因为不明原因而急降，逐渐步出历史的舞台，取而代之的是一种平均身高只有10公分 、三头身的妖精。这些妖精拥有高智能，而本作的女主角则成为了人类与妖精之间的调停官，负责斡旋在妖精与人类之间的重要事务。虽然如此，由于妖精很少与人类接触，所以女主角根本没什么工作可做，于是她想要好好研究妖精的生态，本作其实就是她与妖精们互动的观察日记了。