被无法与人类沟通的异生物——奇居子破坏的太阳系，只剩下一小部分的人类尚存活。为了生存，他们制作了如同小行星般巨大的宇宙播种船，并在宇宙中进行旅行。在千年后的今日，这支原本庞大的舰队早已四散漂零，幸存的播种船也大多在孤军奋战。
在原本由日本国政府建造的播种船希德尼娅上，在地下层部长大的少年谷风长道自祖父死后在寻找食物的过程中误入上层市区，并在一番追逐后被逮捕，令他意外的是，舰长小林并未加以处罚，而是将其送入人型兵器「卫人」的操控师训练学校（军校），并要求他成为一名卫人驾驶员为希德尼娅效力。 在这段暴风雨前的宁静之中，他认识了第一个友人科户濑伊佐奈，并对星白闲(学生代表，排名第二的操控师)开始抱有异性意识，并认识了岐神工业（军工）的少当家，高傲的岐神海苔夫(排名第一的操控师)。
和各式各样的训练师一同度过校园生活的谷风长道，获得了首次的任务。虽然不是非常艰难的任务，但在谷风长道和队友们面前，突然出现了奇居子！遭遇沉寂了100年后的突袭，初入敌阵的谷风长道和队友们将如何应对？
关乎人类存亡的战斗现在开始了！