公元2030的世界，改造人、生化人、机器人等等的存在已经非常普及。主人公草稚素子正是人类最高科技的结晶：只有大脑是人脑，其余身体部分皆为机械装置，外表看起来则是一名美貌兼干练的年轻女性。在这个高科技的世界里，人类通过更换身体的各个部件而达到长寿已不是新鲜事，更有许多人的大脑也已经电脑化，从而真正实现所谓的“电子化的存在”(并非“信息化的存在”)。从庞大的社会结构直至单独的个人身体，都可方便的通过网络连接，构成了一个无比复杂的信息网络：这就是本作的世界基础。 虽然人类社会的电脑化带来很多方便，但是无论构造成为身体的材料怎样变化，人类毕竟还是拥有人性，因此各种以电脑为契机的犯罪层出不穷。日本的公安九课是一个高出统治阶层的存在，它的职能就是猎捕一切有关于高级电脑类刑事犯罪者。公安九课所面对的罪犯：有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机分子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。
由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。
只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
“Nierland”，那是将梦想、希望、科学融为一体的AI复合乐园。作为史上最初的自律人型AI而生，每日作为设施的AI角色活动，持续于舞台上歌唱。但其人气依然不够。――“唱出让所有人都满意的歌曲。”站在园内的主舞台上持续唱着歌，以完成自己的使命的薇薇。
某日，名为码兹莫特的AI出现在薇薇身边。
码兹莫特谈到自己在100年后的未来将成为AI，其使命是“与薇薇一起修正历史，并防止将在100年后发生的AI与人类的战争”。
执行着不同任务的2名AI会迎来怎样的未来？
这是“我（薇薇）”将“我（AI）”毁灭的故事――
AI“歌姬”薇薇的百年旅程即将开始。
“我要变得更强。因为我不想输给这个社会和本能。”
雷格西接受了自己食肉动物的身份，并朝着与春的恋情迈进了一步。然而，雷格西本以为自己回到了平静的校园生活，却不知新的危机正在逼近。那就是悬而未决的“食杀事件”的犯人的身影！而且在黑市，本应被打倒了的狮子组的残党，组成了“新狮子组”开始重新积蓄力量……面对新的强大试炼，雷格西能否保护好“真正重要的东西”呢？
食欲、肉欲、渴望被认可。被各种欲望玩弄于股掌之间，年轻动物们的青春还远未结束！