总人口230万人，蔓延东京西部的巨大都市。因为学生约占其中人口的八成而称为“学园都市”的这座城市，正在进行着透过扭曲世界法则来引发超常现象的力量——超能力的开发。
接受特殊课程而获得能力的学生们，根据定期的“身体检查”，被分为“无能力（Level 0）”到“超能力（Level 5）”等六个阶段，位于顶点的就是七名的“超能力（Level 5）”。
位于其顶点的，就是被誉为最强的七名“超能力者”。其中之一的御坂美琴是能够自由操纵电力的“电击使”中最上位的能力者，拥有“超电磁炮”之名的她是在常盘台中学就读的14岁女子中学生。作为后辈，同时是“风纪委员”的白井黑子，景仰大小姐的初春饰利，和她那喜欢都市传说的朋友佐天泪子。这样的同伴们一起过着和平但又有点奇妙的日常生活，而这时一年一度的盛大活动迫近了。
“大霸星祭”。7天时间里，能力者们以学校为单位展开激战的巨大体育祭。期间，学园都市的一部分向公众开放，在面向全世界转播的这场盛大活动面前，每个人都情绪高涨。但在华丽的舞台背后的蠢蠢欲动，却完全没有注意到——