私立莉莉安女子学园创立于明治三十四年，原本是为贵族的千金小姐而设，是一所具有深厚传统的天主教女子学园。学园位于东京郊外的武藏野，四面环翠，被诸神守护，是为少女提供幼儿园直通大学的精英教育的乐园。
在莉莉安女学园的高中部，存在着一种叫soeur（法语：姐妹）的系统。像是姐姐带领着妹妹一样，学姐指导着学妹，就算没有严厉的校规，也能传承纯洁正派的学园生活。
学园由相当于普通学校学生会的山百合会管理，其正式的干部成员只有“红蔷薇”“黄蔷薇”“白蔷薇”3位蔷薇大人。蔷薇大人的妹妹们则称为花蕾，作为下届的蔷薇，被大家所认同。
某天清晨，学园的普通一年级生福泽祐巳在向圣母玛利亚的雕像祷告时，被人从后面叫住了。而声音的主人就是红蔷薇的花蕾，莉莉安女学园的明星，小笠原祥子……
小小的领巾促成了命运的邂逅，也拉开了这段美丽少女物语的序幕。
故事的主角是以治退专吃人类魂魄的魔人（ヴァイアラス）为职业的的退治
维纳斯VS病毒屋·露茜亚（ルチア），跟她一起与魔人战斗的还有偶然被露茜亚的胸针刺到卷入事件之中而得到了神秘力量的少女鹰花堇。有一天小堇在和一个叫与识的青年在公园中遭到了使用雷之力的迷之少女鲁卡的袭击，出于想要保护与识的强烈意愿，不知不觉中堇自身不可思议的力量也被唤醒了，于是接受了名桥的实验委托……
进入了原为女校、有着1016名女学生的私立八光学园的仅仅五名男学生，清志、岳人、真吾、让、安德雷。他们刚一入学，就在是个男人都会产生的邪念驱使下前去偷窥女浴室，作为惩罚，被管理着学园纪律的“里学生会”的三名美女投入了惩罚大楼（=通称：监狱）。他们还会有名为明日的希望吗！？
世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶。某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！
乙坂有宇拥有着只在极少一部分的青春期少年少女身上诱发产生的罕见特殊能力，依靠这份能力度过着一帆风顺的学园生活的他，经由与神秘少女友利奈绪的邂逅，揭开了特殊能力者们身上的宿命。